A principal diferença entre o HG19 e o HG38 é que o HG19 é um genoma de referência humano que possui 7 regiões com loci alternativos, enquanto o HG38 é um genoma de referência humano que possui 207 regiões com loci alternativos.
Os genomas de referência desempenham um papel importante no mapeamento de sequências de DNA para análises filogenéticas e baseadas em bioinformática. Representa um conjunto completo de genes de um organismo. Em outras palavras, é uma representação da sequência do genoma de um organismo. Existem diferentes genomas inteiros de referência que estão disponíveis gratuitamente para serem usados para mapeamento genômico. O banco de dados RefSeq do NCBI é uma das fontes comuns desses tipos de genomas de referência. Ele compreende genomas de referência de diferentes organismos, incluindo procariontes, eucariotos e vírus. Existem dois tipos principais de genomas humanos de referência como HG19 ou GRCh37 e HG38 ou GRCh38. Eles são conjuntos do genoma humano desenvolvidos pelo Genome Reference Consortium (GRC).
CONTEÚDO
1. Visão geral e diferença chave
2. O que é HG19
3. O que é HG38
4. Semelhanças – HG19 e HG38
5. HG19 vs HG38 em forma de tabela
6. Resumo – HG19 vs HG38
O que é HG19?
HG19, também conhecido como genoma de referência do consórcio humano build 37 (GRCh37), é um genoma de referência publicado em 2009 pelo Genome Reference Consortium. É um genoma haplóide com loci alternativos. Existem 7 regiões que representam os loci alternativos no genoma de referência HG19. O genoma de referência HG19 foi desenvolvido sequenciando os clones acabados obtidos do projeto genoma humano. Além disso, produtos de PCR e sequências shotgun também foram usados na construção do genoma de referência HG19.
O comprimento total da sequência do genoma de referência HG19 é de 3.101.788.170 bps e consiste em 249 scaffolds. Além disso, existem 271 lacunas entre os andaimes. Ao considerar o número de clones nas sequências componentes, são 27.054 clones. O genoma de referência compreende um número total de 24 cromossomos e plasmídeos.
O que é HG38?
HG38, também conhecido como genoma de referência do consórcio humano build 38 (GRCh38), é o genoma de referência humano mais recente desenvolvido pelo consórcio de referência do genoma em 2017. Vários loci foram adicionados ao genoma e uma atualização recente também foi lançada em março de 2022 .Existem 207 regiões que retratam os loci alternativos, que são bem melhorados do que a versão HG19. O genoma de referência HG38 tem 349 lacunas no genoma. Essas lacunas estão principalmente nas regiões do telômero, centrômero e entre longas sequências repetitivas. Produtos de PCR e sequências de shotgun são usados para preencher as lacunas quando necessário.
Figura 02: HG38
O comprimento total da sequência do genoma de referência HG38 é de 3.099.734.149 bps e consiste em 473 scaffolds. Ao considerar o número de clones nas sequências componentes, são 35.614 clones. O genoma de referência HG38 compreende um número total de 24 cromossomos e plasmídeos.
Quais são as semelhanças entre HG19 e HG38?
HG19 e HG38 são sequências de DNA. Ambos os genomas são derivados após a conclusão do projeto genoma humano. Além disso, atuam como sequências de referência para o genoma humano. Ambas as sequências foram desenvolvidas pelo consórcio de referência do genoma. Além disso, eles consistem em lacunas no genoma de referência. Ambos HG19 e HG38 têm 24 cromossomos e plasmídeos em seu genoma. Aplicações de HG19 e HG38 são amplamente observadas em bioinformática e análises filogenéticas.
Qual é a diferença entre HG19 e HG38?
O genoma de referência HG19 possui 7 regiões com loci alternativos, enquanto o genoma de referência HG38 possui 207 regiões com loci alternativos. Assim, esta é a principal diferença entre HG19 e HG38. Enquanto o genoma de referência HG19 foi desenvolvido em 2009, o genoma de referência HG38 foi desenvolvido em 2017. Além disso, existem 271 lacunas entre andaimes no genoma HG19, enquanto o genoma HG38 tem 349 lacunas.
O infográfico abaixo apresenta as diferenças entre HG19 e HG38 em forma de tabela para comparação lado a lado.
Resumo – HG19 vs HG38
HG19 e HG38 são genomas de referência humanos desenvolvidos pelo consórcio de referência de genoma. Eles são importantes no mapeamento de genes humanos para completar análises bioinformáticas e filogenéticas. O genoma de referência HG19 tem 7 regiões com loci alternativos. O genoma de referência HG38 tem 207 regiões com loci alternativos. O genoma de referência HG19 foi desenvolvido em 2009, enquanto o genoma de referência HG38 foi desenvolvido em 2017. O número de lacunas entre andaimes de cada genoma de referência também difere. A este respeito, HG38 tem mais lacunas apresentando propriedades avançadas. Então, isso resume a diferença entre HG19 e HG38.
Referência:
1. Caetano-Anolles, Derek. “Builds de referência do genoma humano – GRCH38 ou hg38 – B37.” GATK.
2. Nurk, Sergey, et ai. “A sequência completa de um genoma humano.” BioRxiv, Laboratório Cold Spring Harbor.
3. “GRCH37 – HG19 – Genoma – Montagem – NCBI.” Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia, Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.
4. “GRCH38 – hg38 – Genoma – Montagem – NCBI.” Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia, Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA.
Cortesia da imagem:
1. “Integrated Genome Browser 9.1.0 mostrando o cromossomo 1 do conjunto do genoma humano hg38” Por Aloraine – Trabalho próprio (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia